Unirea teritorială din 1918 a atras în chip firesc după sine şi reunificarea bisericească, hotărâtă solemn de Sfântul Sinod al Bisericii Ortodoxe Române la 30 decembrie 1919, ceea ce a însemnat revenirea în sânul Bisericii neamului a românilor înstrăinaţi vreme de un veac. Stareţul Dionisie Erhan, vorbind, încă la 15 martie 1918, în numele credincioşilor români din Basarabia, arăta, în acest sens, cu pregnanţă, că reintegrarea Bisericii Ortodoxe din Basarabia în Biserica Ortodoxă Română era un act istoric firesc, o reparaţie – profund justificată canonic – a unei nedreptăţi care se săvârşise, abuziv şi dictatorial, în 1812, prin încălcarea, de către Biserica Rusă a două legi fundamentale pe care se bazează organizarea bisericească în lumea ortodoxă: canonul 34 apostolic şi canonul 8 al Sinodului III Ecumenic de la Efes (431).

Între 1941-1944, precum se ştie, Basarabia a revenit la Patria-Mamă şi la Biserica sa, Mitropolia Basarabiei fiind reactivată, dar numai până spre sfârşitul războiului când, din 1944, trupele sovietice au reanexat teritoriul dintre Nistru şi Prut, Mitropolia fiind obligată să îşi sisteze activitatea. Vitregia istoriei i-a făcut pe ierarhii din teritoriile ocupate să se refugieze în România, unde Biserica Ortodoxă Română i-a primit ca pe fiii sai. Au fost vremuri de prigonire şi îngrădire drastică a vieţii bisericeşti, aşadar de înlănţuire mai ales naţională şi bisericească. Zeci şi zeci de preoţi au fost martirizaţi prin împuşcare, închisoare, deportare, muncă silnică, au fost demolate sute de biserici, iar altele au fost profanate prin utilizarea lor ca grajduri, depozite, restaurante, săli de spectacole ş.a.m.d. Au fost desfiinţate toate instituţiile de învăţământ şi publicaţiile bisericeşti, muzeul bisericesc de la Chişinău şi marea bibliotecă de la mănăstirea Noul Neamţ (Chiţcani), ale cărei preţioase volume au fost date pradă focului în piaţa publică.
La 21 mai 1989, Patriarhul Moscovei şi al întregii Rusii îl numeşte episcop al Chişinăului şi al Moldovei pe Nikolai Vasilievici Kantarian, sub numele Vladimir. În 1990 Vladimir este ridicat la treapta de arhiepiscop al Chişinăului, iar in 1992, la treapta de Mitropolit al Moldovei. Mitropolia Moldovei rămâne sub jurisdicţia canonică a Patriarhiei Moscovei.

La 17 noiembrie 1993, prin Hotărârea nr. 719, Guvernul Republicii Moldova, condus de Andrei Sangheli, recunoaşte existenţa legală doar a Mitropoliei Moldovei, declarată „parte inseparabilă a trupului bisericesc rus”.
Patriarhia Română recunoaşte acestei structuri ruse doar dreptul de jurisdicţie asupra diasporei ruse din Basarabia, ceea ce presupune, prin reciprocitate, exercitarea în Federaţia Rusă a jurisdicţiei Bisericii Ortodoxe Române prin Exarhatul Plaiurilor. La 20 octombrie 1995, Sfântul Sinod al Bisericii Ortodoxe Române a acordat Mitropoliei Basarabiei rangul de Exarhat al Plaiurilor cu drept de jurisdicţie extrateritorială asupra diasporei ortodoxe române din spaţiul ex-sovietic (Basarabia sudică- actuala regiune sudică a Ucrainei, Transnistria) şi asupra diasporei basarabene din întreaga lume.

În perioada ce a urmat, drumul Mitropoliei Basarabiei către recunoaştere şi legalitate a fost făcut sub focul persecuţiei, cu foarte multe semnale politice din partea autorităţilor statului.
Refuzul guvernelor de la Chişinău de a recunoaşte Mitropolia Basarabiei şi persecuţiile suferite de clerul şi credincioşii ei au dus la procese atât în Moldova, cât şi la instituţiile europene de prestigiu. În această situaţie, Mitropolia Basarabiei mai are o singură cale: să se adreseze Curţii Europene a Drepturilor Omului de la Strassbourg (CEDO). Prin urmare, la 3 iunie 1998 depune o plângere împotriva Republicii Moldova. Cererea va fi înregistrată la CEDO la 26 ianuarie 1999 cu nr. 45701/99 şi va fi declarată admisă la 7 iunie 2001.
Demersul este benefic, căci, după ce la 19 februarie 2002, când Mitropolia Basarabiei ceruse pentru a XI-a oară guvernului să fie recunoscută ca structură religioasă distinctă, subordonată canonic Patriarhiei Române, aceasta este recunoscută şi admisă în legalitate la 30 iulie 2002, ca urmare a hotărârii CEDO.
Dar suferinţele Mitropoliei Basarabiei nu au luat sfârşit odată cu recunoaşterea si intrarea ei in legalitate, deoarece a apărut o problema noua, problema succesiunii.

A fost nevoie de un alt proces şi de o altă hotărâre judecătorească, pentru ca, la 2 februarie 2004, Curtea Supremă de Justiţie să anuleze Hotărârea Guvernului nr. 1008 din 26 septembrie 2001, prin care Mitropolia Moldovei (subordonată canonic Patriarhiei Moscovei) fusese declarată succesoarea fostei Mitropolii a Basarabiei. Cu acest prilej, deputatul Vlad Cubreacov, care a reprezentat în instanţă Mitropolia Basarabiei a declarat: „Este o zi mare în istoria Mitropoliei Basarabiei şi a justitiei naţionale întrucat s-a făcut dreptate într-un litigiu atât de dureros, care vizează patrimoniul Mitropoliei, uzurpat de către structura locală a Patriarhiei Moscovei, prin complicitate cu guvernul comunist de la Chişinău… Acest lucru s-a făcut ţinând cont de atenţia sporită a Consiliului Europei faţă de evoluţia acestui caz. Decizia Curţii deschide o nouă etapă în procesul de recâştigare a drepturilor Mitropoliei Basarabiei.”

Ulterior însă, atitudinea autorităţilor comuniste de la Chişinău faţă de Mitropolia Basarabiei a atras o mustrare din partea Consiliului Europei deoarece, potrivit Raportului internaţional cu privire la libertatea religioasă pentru anul 2005, Biserica Ortodoxă din Moldova (Mitropolia Moldovei) a fost favorizată în comparaţie cu alte grupuri religioase. Aceste constatări survin Raportului Internaţional cu privire la Drepturile Omului din 2003 care făcea referire la libertatea religioasă din Moldova arătând că, deşi a reuşit să se înregistreze şi să activeze în calitate de cult recunoscut de stat, reprezentanţii Mitropoliei Basarabiei susţin că dreptul de proprietate este, în continuare, violat. În acelaşi sens, Raportul din 2005 menţiona că Mitropolia Moldovei a avut de înfruntat doar mici dificultăţi în redobândirea proprietăţilor sale – biserici, şcoli, spitale, orfelinate şi proprietăţi administrative, iar în cazul celor distruse Guvernul a oferit compensaţii alternative. În schimb, litigiile de proprietate dintre Mitropolia Moldovei şi Mitropolia Basarabiei nu au fost rezolvate.

În plus, în cadrul şedinţei Comitetului de Miniştri al Consiliului Europei de la 8 februarie 2006, fiind discutată problema respectării de către guvernul moldovean a deciziei CEDO din 2001 privind Mitropolia Basarabiei, s-a constatat că decizia nu a fost implementată pe deplin deşi au trecut 4 ani de la emitere. De asemenea, se constata necesitatea accelerării procesului legislativ în sensul adoptării unei noi legi privind cultele, lege care să fie concordantă cu decizia CEDO.

Şi în 2007, la 04 aprilie, Comitetul de Miniştri al Consiliului Europei a transmis o decizie în speţa Moldova vs Mitropolia Basarabiei, prin care invita autorităţile basarabene să adopte “neîntârziat” legile necesare libertăţilor religioase, insistând inclusiv asupra urgenţei care se impune acum privind executarea deplină a Hotărârii Curţii Europene a Drepturilor Omului din 02 februarie 2004, aflată în examinarea Comitetului de Miniştri de mai bine de cinci ani.

Astăzi, Mitropolia Basarabiei există de facto şi de jure ca entitate bisericească distinctă, subiect autonom de drept civil şi canonic, dar încă zbuciumată înîmplinirea sa spirituală ….